Объединение карельских «зелёных» - РОО «СПОК» - подготовило материалы по недостаткам планирования в Петрозаводске. Как один из примеров нерационального планирования в отношении лесных территорий называются новые данные о предполагаемом размещении нескольких объектов городского строительства на местах обитания видов, занесённых в Красную книгу. Как отмечают в «СПОКе», с введением в действие с 1 января 2007 г. нового Лесного кодекса леса, находящиеся на территориях населённых пунктов, перешли под управление муниципальных властей. Таким образом, эти леса утратили свой охранный статус и оказались в условиях «правового вакуума». Эта ситуация открывает возможности использования данных территорий в ущерб сохранению благоприятной окружающей среды и биологического разнообразия живой природы в черте города.
В то же время Генеральный план Петрозаводского городского округа разработан в условиях отсутствия достаточной достоверной информации о природной и рекреационной ценности территорий. В настоящее время это уже привело к тому, что строительство многих объектов запланировано на участках, где находятся леса высокой природоохранной ценности, а также в местах обитания видов, внесённых в Красную книгу Российской Федерации и Красную книгу Республики Карелия.
Также под угрозой находится узкий «пояс» хвойных лесов, сохранявшийся вокруг застроенных территорий Петрозаводска и активно использующийся горожанами для рекреационных целей. В течение последних лет он подвергается уничтожению в результате вырубок под экологически неоправданное строительство различных объектов.