По информации «Коммерсанта», поезд планировал взорвать житель Кабардино-Балкарии 22-летний Ислам Хамужев. Известно, что в Москве он познакомился с тремя другими участниками подготовки к теракту выходцами из Чечни и Ингушетии Мурадом Эдильбиевым и Мурадом Умаевым, а также Фяритом Невлютовым, приехавшим в столицу из Мордовии.
На допросе одного из обвиняемых выяснилось, что в июне текущего года Хамужев, «предложил им взорвать пассажирский поезд «Сапсан» на маршруте Москва — Санкт-Петербург, и приятели согласились поучаствовать в теракте, купили в хозяйственном магазине удобрение на основе аммиачной селитры, используемое для производства взрывчатки, а также провода и батарейки». Для организации теракта был выбран небольшой перелесок у железнодорожной платформы Фирсановка.
Однако вся подготовка железнодорожного теракта, особенно на ее завершающей стадии, проходила под контролем сотрудников ФСБ.
В июле Лефортовский райсуд столицы арестовал всех предполагаемых организаторов теракта. После этого, глава ФСБ Александр Бортников доложил президенту Дмитрию Медведеву о предотвращении крупного теракта на «одном из объектов транспорта в Московском регионе».
Директор ФСБ высказал свою версию терактов в метро 
В СМИ «просочились» подробности подготовки подрыва «Сапсана»