Как известно, в декабре 2008 года петрозаводский суд временно отстранил Патенко от работы. В январе 2009 года этот вопрос был подтверждён в кассационной инстанции. Однако теперь это решение не прошло надзорную инстанцию Верховного суда. В ноябре 2008 года Следственное управление МВД Карелии возбудило уголовное дело против министра сельского хозяйства Ванды Патенко по статье 286 УК РФ «Превышение должностных полномочий». По версии следствия, министр присвоила себе функции выделения участков для размещения форелевых хозяйств. В конце апреля 2009 года Ванда Патенко подала прошение об отставке с поста министра, а также вышла из партии «Единая Россия» и автоматически перестала являться руководителем петрозаводского отделения этой партии.