Арнольда Мери, в частности, обвиняли в подготовке к высылке в марте 1949 года в Сибирь жителей острова Хийумаа. Дело о депортации было возбуждено в 1995 году, и сначала Мери проходил по нему как свидетель, а в конце 1990-х годов его сделали обвиняемым. Арнольду Мери неоднократно назначали медицинские экспертизы.
Последняя была назначена в конце 2008 года, когда у следствия "возникли вопросы" к результатам предыдущей, согласно которой Мери был признан слишком больным для дальнейшего участия в судебном процессе. Как сказал тогда Мери, у него был обнаружен рак легких. В то же время он заявил, что не намеревается прятаться за справкой о состоянии здоровья, готов к суду и уверен в своей невиновности. В 1941 году он стал первым эстонцем - Героем Советского Союза. Этого звания он был удостоен за участие в боях под Порховом в составе национального корпуса, который после присоединения Эстонии к СССР, вошел в состав регулярных сил Красной Армии.
В том бою А. Мери был четырежды ранен, но продолжал руководить оборонявшимися. Два года назад Арнольд Мери стал гостем Псковской земли и принял участие в открытии памятника, посвященного памяти товарищей по оружию. В память об этом событии одной из улиц Порхова было присвоено имя А. Мери. Похороны пройдут 1 апреля на кладбище Лийва. Интернет-сообщество живо откликнулось на смерть самого знаменитого в России эстонца. В этой весьма симптоматичным можно считать следующее высказывание: - Обязательно заеду попрощаться! Один из немногих честных эстонцев, пусть земля его родины, которая испоганила ему последние годы жизни, будет ему пухом! А мы всегда его будем помнить как стойкого борца с махровым средневековым национализмом и фашизмом!
Борьба с нацистскими преступниками: как это делалось в Европе